ガミラスの侵略を退けてから1年後の西暦2201年、白色彗星帝国が宇宙の各惑星にその侵略の手を伸ばしていた。地球は復興をほぼ終え、都市は活気づき平和に満ちていた。古代進も護衛艦艦長として輸送補給船団に同行していたが、偶然、発信源不明のメッセージを受信する。そのメッセージは、救いを求めるような女性の声であった。かつてのヤマト乗組員たちは、危機の正体を突き止めるためにヤマトを発進させる。テレザート星に到着した古代たちは、メッセージの発信者であったテレサを救出する。テレサは、白色彗星帝国が宇宙の星々を次々と侵略しており、次に狙っているのが地球であることを告げる。白色彗星帝国は地球に迫り、最新鋭戦艦アンドロメダを旗艦とした地球艦隊を全滅させる。ヤマトは白色彗星の渦の中心核に波動砲を打ち込む。彗星は火の玉となって炎上するが、その中から巨大な要塞、都市帝国が出現する。激しい戦闘の中で次々と乗組員たちが戦死していく。古代たちは都市帝国内部に侵入して動力炉を破壊する。しかし、その都市帝国の内部から超巨大戦艦が出現する。エネルギーも殆ど尽きているヤマトを嘲笑するズォーダー大帝に向かい、古代は徹底的に戦う事を告げる。ある決意を固めた古代は、生き残った数少ない乗組員をヤマトから退艦させ、超巨大戦艦に向けヤマトを発進させる。そこにテレサが現われ、ヤマトとともに超巨大戦艦に向かう。ヤマトは、やがて一筋の閃光を残し、宇宙に消えた。
高山南 山口胜平 山崎和佳奈 神谷明 盐泽兼人 绪方贤一 茶风林 岩居由希子 高木涉 大谷育江 藤本让 藤城裕士 宫寺智子 藤井佳代子 山路和弘 平尾仁 谷川俊 山崎巧 千叶一伸 真山亚子 一条和矢 百百麻子 川谷修士 小堀裕之 野村明大 石田太郎
花江夏树 鬼头明里 下野纮 松冈祯丞 日野聪 平川大辅 石田彰 樱井孝宏 小西克幸 早见沙织 铃村健一 关智一 杉田智和 森川智之 佐藤利奈 三木真一郎 桑岛法子 本渡枫 大地叶 小原好美 古贺葵 小山力也 丰口惠美 榎木淳弥 伊濑茉莉也 笠间淳 千本木彩花 江口拓也 山村响 广濑裕也 高桥伸也 秋保佐永子 仲村宗悟 中惠光城
高山南 山口胜平 山崎和佳奈 小山力也 绪方贤一 岩居由希子 高木涉 大谷育江 林原惠美 松井菜樱子 桧山修之 石井康嗣 浅川悠 高桥广树 梶裕贵 间宫康弘 林修 河北麻友子 山崎育三郎
水田山葵 大原惠美 和多田美咲 种崎敦美 久野美咲 嘉数由美 木村昴 关智一 铃鹿央士 松本保典 三石琴乃 山路和弘 石井康嗣 伊达干生 藤本美贵 富泽岳史 天月 拜真之介 田岛章宽 井口祐一 久保田光 松井晓波 木村珠莉
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