漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
高山南 山口胜平 山崎和佳奈 神谷明 盐泽兼人 绪方贤一 茶风林 岩居由希子 高木涉 大谷育江 藤本让 藤城裕士 宫寺智子 藤井佳代子 山路和弘 平尾仁 谷川俊 山崎巧 千叶一伸 真山亚子 一条和矢 百百麻子 川谷修士 小堀裕之 野村明大 石田太郎
高山南 山口胜平 山崎和佳奈 小山力也 绪方贤一 岩居由希子 高木涉 大谷育江 林原惠美 松井菜樱子 桧山修之 石井康嗣 浅川悠 高桥广树 梶裕贵 间宫康弘 林修 河北麻友子 山崎育三郎
水田山葵 大原惠美 和多田美咲 种崎敦美 久野美咲 嘉数由美 木村昴 关智一 铃鹿央士 松本保典 三石琴乃 山路和弘 石井康嗣 伊达干生 藤本美贵 富泽岳史 天月 拜真之介 田岛章宽 井口祐一 久保田光 松井晓波 木村珠莉
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