《恋离飞翼》剧情紧接着《虚空歌姬》，时间大约为第一部完结之后1个月，故事描述了主人公早乙女阿尔特他们与不明宇宙生物“Vajra”之间最后的战役。对于很多fans有所不满的“双飞”恋情，在本作中也将画上句号。阿尔特将在两位女主角——雪莉露·诺姆和兰卡之间做出一个选择。《剧场版MacrossF》在当初制作时就预备做成上下两部，所以这部剧场动画也是《MacrossF》整个故事的完结篇。西历2059年，计划寻找新天地的银河移民船团“macrossfrontier”上，一名以驾驶员为目标而努力的少年早乙女阿尔特感受到了前所未有的闭塞感。这个时候，位于银河顶端的歌姬雪莉露·诺姆来到船团举行巡回演唱会，阿尔特以及憧憬着雪莉露的少女兰花·李当天都来到了会场。然而演唱会当中，却突然遭到重机架生命体的袭击。为了保护少女们，阿尔特登上了最新型可变战斗机VF-25。在战火烽烟的尽头，传说中可以震撼宇宙的“歌”以及纠缠着少女们的“迷”究竟是什么……？
高山南 山口胜平 山崎和佳奈 神谷明 盐泽兼人 绪方贤一 茶风林 岩居由希子 高木涉 大谷育江 藤本让 藤城裕士 宫寺智子 藤井佳代子 山路和弘 平尾仁 谷川俊 山崎巧 千叶一伸 真山亚子 一条和矢 百百麻子 川谷修士 小堀裕之 野村明大 石田太郎
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高山南 山崎和佳奈 小山力也 山口胜平 日高法子 林原惠美 岩居由希子 高木涉 大谷育江 绪方贤一 家弓家正 一城美由希 梁田清之 茶风林 井上和彦 置鲇龙太郎 汤屋敦子 千叶一伸 中井和哉 大塚周夫 辻亲八 松本大 岸尾大辅 浦山迅 大西健晴 莲池龙三 柚木凉香 甲斐田雪 半场友惠 柳泽荣治 吉田真 赤星宪广 福士苍汰 池田秀一