应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
高山南 山口胜平 山崎和佳奈 神谷明 盐泽兼人 绪方贤一 茶风林 岩居由希子 高木涉 大谷育江 藤本让 藤城裕士 宫寺智子 藤井佳代子 山路和弘 平尾仁 谷川俊 山崎巧 千叶一伸 真山亚子 一条和矢 百百麻子 川谷修士 小堀裕之 野村明大 石田太郎
神谷浩史 井上和彦 高良健吾 小林沙苗 藤村步 村濑步 伊藤美纪 伊藤荣次 堀江一真 佐藤利奈 木村良平 菅沼久义 泽城美雪 石田彰 雪野五月 川澄绫子 樋口晓里 冈村明美 黑田崇矢 长岛雄一 松山鹰志 下崎纮史 知桐京子 高冈瓶瓶 落合福嗣 金田晶 高桥伸也 松川裕辉 塙爱美 户松拳也 香里有佐 小田切茜 三谷绫子 小峠英二 西村瑞树 堀秀行 岛本须美
高山南 山崎和佳奈 小山力也 山口胜平 日高法子 林原惠美 岩居由希子 高木涉 大谷育江 绪方贤一 家弓家正 一城美由希 梁田清之 茶风林 井上和彦 置鲇龙太郎 汤屋敦子 千叶一伸 中井和哉 大塚周夫 辻亲八 松本大 岸尾大辅 浦山迅 大西健晴 莲池龙三 柚木凉香 甲斐田雪 半场友惠 柳泽荣治 吉田真 赤星宪广 福士苍汰 池田秀一
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