这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……本片根据士郎正宗的原作改编。
高山南 山口胜平 山崎和佳奈 神谷明 盐泽兼人 绪方贤一 茶风林 岩居由希子 高木涉 大谷育江 藤本让 藤城裕士 宫寺智子 藤井佳代子 山路和弘 平尾仁 谷川俊 山崎巧 千叶一伸 真山亚子 一条和矢 百百麻子 川谷修士 小堀裕之 野村明大 石田太郎
神谷浩史 井上和彦 高良健吾 小林沙苗 藤村步 村濑步 伊藤美纪 伊藤荣次 堀江一真 佐藤利奈 木村良平 菅沼久义 泽城美雪 石田彰 雪野五月 川澄绫子 樋口晓里 冈村明美 黑田崇矢 长岛雄一 松山鹰志 下崎纮史 知桐京子 高冈瓶瓶 落合福嗣 金田晶 高桥伸也 松川裕辉 塙爱美 户松拳也 香里有佐 小田切茜 三谷绫子 小峠英二 西村瑞树 堀秀行 岛本须美
高山南 山崎和佳奈 小山力也 山口胜平 日高法子 林原惠美 岩居由希子 高木涉 大谷育江 绪方贤一 家弓家正 一城美由希 梁田清之 茶风林 井上和彦 置鲇龙太郎 汤屋敦子 千叶一伸 中井和哉 大塚周夫 辻亲八 松本大 岸尾大辅 浦山迅 大西健晴 莲池龙三 柚木凉香 甲斐田雪 半场友惠 柳泽荣治 吉田真 赤星宪广 福士苍汰 池田秀一
花江夏树 鬼头明里 下野纮 松冈祯丞 日野聪 平川大辅 石田彰 樱井孝宏 小西克幸 早见沙织 铃村健一 关智一 杉田智和 森川智之 佐藤利奈 三木真一郎 桑岛法子 本渡枫 大地叶 小原好美 古贺葵 小山力也 丰口惠美 榎木淳弥 伊濑茉莉也 笠间淳 千本木彩花 江口拓也 山村响 广濑裕也 高桥伸也 秋保佐永子 仲村宗悟 中惠光城