在地势险峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇宝贝凯尔迪奥（中川翔子 配音）追随传说中的圣剑士克巴路欧（山寺宏一 配音）、泰利奇欧（安元洋贵 配音）、比利基恩（本田贵子 配音）修行，朝着圣剑士的目标持续努力。自不量力的凯尔迪奥不听三位老师的忠告，贸然向龙系最强的神奇宝贝酋雷姆（高桥克实 饰）发起挑战。及至交手时才发现自己远远不是酋雷姆的对手。关键时刻，三位圣剑士出现，为拯救弟子而甘愿牺牲自己。伤痕累累的凯尔迪奥落荒而逃，恰巧遇见正在修业旅行中的小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真守 配音）和艾莉丝（悠木碧 配音）一行，而愤怒的酋雷姆也尾随而至。新的战斗意外拉开序幕……本片为小学馆创立90周年的纪念之作。
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高山南 山崎和佳奈 小山力也 山口胜平 日高法子 林原惠美 岩居由希子 高木涉 大谷育江 绪方贤一 家弓家正 一城美由希 梁田清之 茶风林 井上和彦 置鲇龙太郎 汤屋敦子 千叶一伸 中井和哉 大塚周夫 辻亲八 松本大 岸尾大辅 浦山迅 大西健晴 莲池龙三 柚木凉香 甲斐田雪 半场友惠 柳泽荣治 吉田真 赤星宪广 福士苍汰 池田秀一
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